ご本尊 毘沙門天（びしゃもんてん）
毘沙門天をご本尊とするお寺は極めて限られます。
奈良の信貴山（しぎさん）朝護尊（ちょうごそん）寺、京都の北にある鞍馬（くらま）寺、山科の毘沙門堂もそうです。毘沙門天は七福神の中では財宝の神として、大切なものを守護します。
もとはインドで生まれ、シルクロードを経て中国、朝鮮、日本へと伝わり北方の守護神として篤（あつ）い信仰を集めました。そのお姿は鎧兜（よろいかぶと）に身を包んで悪鬼を踏みつけます。右手は金剛戟（こんごうげき）という槍のような武器を持ち、左の手には小さな宝塔を置きます。大切なお宝を何があっても必ず守るというお姿です。
吉祥院のご本尊毘沙門天は、近年、武州川口七福神霊場が開創されるのを機に、奉祀以来、初めてご開帳されました。
また、秘仏のご本尊さまの前には、三代高村晴雲氏が刻したお前立ちご本尊がお祀りされ、現在では毎年、正月元旦から10日まで開帳されて法会が営まれ、多くの参詣者がご本尊毘沙門天とご縁を結び、祈りを捧げます。